Giovanni Caboto là tên tiếng Ý, trong tiếng Venezia là Zuan Chabotto, còn John Cabot là tên tiếng Anh. Các biến thể tên không phải tiếng Ý của ông được ghi chép trong các tài liệu vào thế kỷ 15. Ở Cộng hòa Venezia ông ký tên là "Zuan Chabotto", Zuan là tên John trong tiếng Venezia.[4] Ông tiếp tục sử dụng tên này ở Anh, ít nhất là với cộng đồng người Ý. Ông được một ông chủ ngân hàng người Ý ở Luân Đôn gọi là 'Giovanni'.[5]

Ông được sinh ở Ý, con trai của Giulio Caboto; ông có một người anh trai là Piero.[6] Các xã Gaeta (thuộc tỉnh Latina) và Castiglione Chiavarese (thuộc tỉnh Genova) đều được đề xuất là nơi ông sinh ra.[6][7] Bằng chứng của Gaeta là các ghi chép của một gia đình nhà Caboto sinh sống ở đó cho tới giữa thế kỷ 15, tuy nhiên không rõ tung tích của họ sau năm 1443.[8]

Công sứ Tây Ban Nha Pedro de Ayala, người cùng sống với Caboto ở Luân Đôn, nhận xét về ông trong một lá thứ tới Hoàng gia Tây Ban Nha năm 1498 là "một người Genova nữa giống như Colombo".[9] Con trai của Giovanni Caboto, Sebastiano, nói rằng bố ông đến từ Genova. Vào năm 1476 Caboto trở thành công dân Cộng hòa Venizia sau ít nhất 15 năm định cư ở đây; do đó ông chắc chắn đã có mặt ở Venezia ít nhất từ năm 1461.[10]